Prodi PAI Fakultas Tarbiyah Institut Ilmu Al-Qur’an (IIQ) Jakarta mulai dibuka pada tahun 1990/1991 dengan bersamaan dengan dibukannya fakultas tarbiyah IIQ Jakarta. Prodi PAI pertama kali dibuka untuk mengakomodasi mahasiswa baik laki-kali dan perempuan. Dengan alasan untuk mencetak guru PAI yang tidak hanya perempuan saja, namun juga laki-laki. Pada tahun akademik 1990-1998 prodi PAI Fakultas Tarbiyah telah terdapat 3 alumni laki-laki lulusan Prodi PAI IIQ Jakarta.
Prodi PAI memulai awal perkuliahan akademik tahun 1990/1991. Pada saat itu Rektor IIQ
Jakarta yaitu Prof. K.H Ibrahim Hosen, LML. sebagaia pendiri, sementara dekan pertama di Fakultas
Tarbiyah yaitu Ir. Nadratuzzaman, M.Ec namun tidak berlansung lama, karena keadaan dan hal lainnya.
Setelah itu status dekan fakultas tarbiyah dilanjutkan oleh Bpk. Drs. H. Anshori, LAL. Setelah berjalan 3
(tiga) tahun yaitu pada tahun 1993 tanggal 22 November 1993.
Prodi PAI Fakultas Tarbiyah Institut Ilmu Al-Qur’an (IIQ) Jakarta jurusan Pendidikan Agama Islam, mendapat status terdaftar dari Departemen Agama Republik Indonesia melalui SK Menteri Agama RI Nomor 302 Tahun 1993. Pada tahun 2000 berdasarkan Keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi Departemen
Pendidikan Nasional Republik Indonesia Nomor: 006/BAN-PT/Ak-IV/V/2000 Tentang Hasil dan Peringkat
Akreditasi Program Studi untuk Program Sarjana di Perguruan Tinggi Fakultas Tarbiyah Prodi PAI
mendapat nilai B. Pada tahun 2005 berdasarkan Keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi
Departemen Pendidikan Nasional Republik Indonesia Nomor: 014/BAN-PT/Ak-IX/S1/VIII/2005 Tentang
Hasil dan Peringkat Akreditasi Program Studi untuk Program Sarjana di Perguruan Tinggi dengan Nilai B.
Sejak berdirinya Prodi PAI Fakultas Tarbiyah IIQ Jakarta pada tahun 1989 hingga satu tahun terahir (2008-
2009) telah berusaha menjawab berbagai permasalahan yang dihadapi sekaligus dengan menawarkan
berbagai kegiatan yang berhubungan dengan bidang akademik, pelayanan administrasi umum, kemahasiswaan, dan pengabdian pada masyarakat. Program yang disusun dan dilaksanakan selama
kurun waktu satu tahun tersebut merupakan proses sistematis dan didasarkan kepada orientasi strategis,
yaitu antara lain penguatan akademik dan keilmuan dosen, institusi, pengembangan SDM, pengembangan kurikulum, pengembangan sarana akademik, riset dan publikasi, pendidikan dan pengajaran, administrasi dan organisasi, sosialisasi kemahasiswaan, alumni, dan bidang pengabdian kepada masyarakat.